עקרון הפעולה של מכשיר חסימת המזל"ט של מל"ט הוא בעיקר להפריע לתקשורת, ניווט, בקרה ומערכות אחרות על ידי פטימת גלים אלקטרומגנטיים או אותות חסימה אחרים, ובכך גורם לו לא ניתן לפעול או לשלוט בהם באופן רגיל.
העקרונות הספציפיים כוללים:
1. הפרעות אלקטרומגנטיות: על ידי פליטת אותות אלקטרומגנטיים חזקים, היא מפריעה למערכת התקשורת של המל"ט, מה שהופך אותו לא ניתן לתקשר עם מרכז בקרת הקרקע או מפעילים בדרך כלל, ובכך להפוך את המל"ט לשליטה.
2. חסימת GPS: על ידי העברת אותות חסימה, היא מפריעה למקלט מערכת המיקום הגלובלי של מל"ט (GPS), מה שהופך אותו לא ניתן להשיג במדויק מידע על עמדות משלו, ובכך גורם למל"ט לא להיות מסוגל לנווט ולאתר.
.
4. חסימת מכ"ם: על ידי העברת אותות חסימה, היא מפריעה למערכת הרדאר של מל"ט, מה שמאפשר לאתר במדויק את הסביבה הסובבת, ובכך משפיע על יכולת הניווט והימנעות המכשולים של מל"ט.
5. הפרעה תרמית: על ידי פליטת קרן לייזר או קרן מיקרוגל בעלת אנרגיה גבוהה, המל"ט מותקף על ידי אנרגיה תרמית, כך שמרכיבי המפתח שלה יפגעו או לא חוקיים, ובכך הופכים את המל"ט לא ניתן לפעול כרגיל.